In de Middeleeuwen was er in de buurt van het huidige dorp op een terp een nederzetting. De bevolking leefde van visvangst en landbouw. Omdat het gebied rond de nederzetting regelmatig onder water kwam te liggen werd er later een dijk aangelegd. Nu kon er op de drooggelegde grond aan landbouw gedaan worden en woningen gebouwd. Maar door de dijk kwam er aanslibbing van het buitendijkse gebied waardoor het werkgebied van de vissers steeds verder kwam te liggen. De vissers verhuisden daarom naar een gebied ten westen van Paesens waar de wadgeulen nog wel tot aan de dijk reikten.
Dit werd het dorp Moddergat. Nu nog leven vele inwoners van de visvangst, maar tegenwoordig varen de vissers uit vanuit Lauwersoog. Het kleine oude vissersdorpje heeft vanop de dijk een weids zicht op de Waddenzee en de eilanden Ameland en Schiermonnikoog.
Voor de kust van Moddergat zijn de afgelopen eeuwen veel schepen in de problemen geraakt en vergaan door de ondiepe geulen en de van plaats veranderde zandplaten. De bekendste zandplaat is de Engelsmanplaat omdat daar in de 17e eeuw een Engels schip verging. Later bouwde men op die plaats een houten reddinghuisje op palen waar schipbreukelingen konden overnachten.
Als je in Moddergat de dijk op gaat, kun je langs een verhard pad in het wad een wandeling in het wad maken en toch droge voeten houden. Wel voorzichtig zijn, want door het mos kan het er glad zijn.
De kerk van Moddergat stamt uit de 13e eeuw en was oorspronkelijk een rooms katholieke kerk maar nu een protestante kerk. De kerk, opgedragen aan sint Antonius, heeft stenen muren van 65 cm dik en had in de 16e eeuw een pastoor en een plaatsvervanger, wat wijst op een zekere welstand van de dorpsgemeenschap. In de 18e eeuw werd het dorp een arme vissersgemeenschap en werd de klokkentoren afgebroken om de kerk te kunnen vergroten. De begraafplaats voor de kerk wordt nog altijd gebruikt.
